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Hola, empecemos definiendo el significado de estos dos términos: Por defecto y con Jailbreak. Lo que la frase por defecto significa es que tu aparato que posee la manzanita en su espalda posee exclusivamente los métodos de configuración que creó Apple (esto solo como definición).
Que tu iPhone o iPad, o lo que sea que tengas de Apple, posea Jailbreak significa que ese aparato cuenta con una puerta abierta para agregarle al sistema un montón de aplicaciones que no existen en el AppStore y utilidades que te pueden ser de mucho beneficio.
Ahora veamos un par de contrastes, ya sea para bien o no.

Por Defecto

- El dispositivo apple no se tildará (es decir paralizarse por alguna falla del sistema) frecuentemente, mas bien, ejecutará toda aplicación con facilidad.


- El iDevice poseerá una velocidad de procesamiento muy buena, a la hora de ser usado.

- El aparato no podrá obtener asombrosas configuraciones para su pantalla visual.

- Estás limitado a sentirte a gusto con las configuraciones que Apple te da.

Con Jailbreak

- A medida que le instalemos aplicaciones de la tienda Cydia (la cual uno instala junto con el Jailbreak) el dispositivo se volverá muy vulnerable a tildarse en cualquier momento.

- El iDevice se volverá un poco lento y en algunas ocasiones te hará esperar demasiado.

- El aparato podrá ser personalizado a la manera en que a su dueño se le antoje.

- Estás totalmente libre para hacer con tu producto Apple, algo que en realidad a ti te guste y te sea realmente útil.
El Jailbreak, a través de la tienda de aplicaciones Cydia, te da la posibilidad de modificar el tipo de letra, la forma en que te moves de una pantalla a otra, la forma y el sonido de bloqueo, podes agregar funciones a tu gusto con los botones que tu aparato posee, por ejemplo, cambiar la canción que estas escuchando con tan solo apretar el botón de subir volumen prolongadamente. Con Cydia, posees la posibilidad agregarle código de seguridad a las aplicaciones y folders que vos desees, por si alguna vez prestaste tu dispositivo y la persona entró al lugar donde no debía. Se pueden hacer maravillas.
Para aclarar, el Jailbreak y Cydia no significan piratería ni lo son, ni lo serán. Las aplicaciones que las personas descargan sin pagar no son a través de Cydia sino a través de aplicaciones externas que algunos usuarios instalan a través de Cydia, lo cual no está bien porque violan los derechos de autor. Lo que si te recomiendo es probar las aplicaciones antes de comprarlas en el AppStore, no sea que la compres y no cumpla tus expectativas. Y bueno, está en tus manos dejarlo por defecto o desbloquearlo. Gracias por leerme, espero que te haya servido este lenguaje sencillo para comprender todo acerca del Jailbreak. 
Saludos, JuanM.